Настанак овог манастира има своју дугу предисторију. Наиме, епископ Артемије, за време свога боравка у Призрену и у манастиру Грачаница, повремено је посећивао своју породицу у Лелићу код Ваљева. Како је лично причао, приликом сваког доласка у Лелић поглед му се заустављао на једном брдашцету своје очевине, на парцели званој Шумар. Тада му се родила идеја да на том пропланку подигне једну црквицу као своју задужбину. Услед свих дешавања на Косову и Метохији (рат и послератно стање окупације и страдања) та мисао је остајала само жеља владике Артемија. Међутим, после 2010, када је рођена Епархија рашко-призренска у егзилу и када је већи број катакомби манастира већ био основан, епископ Артемије је одлучио да своју давнашњу замисао и оствари. У лето 2013. први пут је ту своју жељу изнео брату Танасију и његовој породици. Танасије Радосављевић, коме је после деобе очевине припала парцела Шумар, одмах је рекао: „Ја поклањам!“ и тако је постао први ктитор катакомбе манастира Нова Никеја.
Није се одмах могло почети са изградњом цркве, али су добијене неопходне дозволе за изградњу конака. Ни то није ишло лако. Након пријава које је Епархија ваљевска упутила надлежнима, дошло је до забране и обуставе даљих грађевинских радова. Ипак, милошћу Божјом, уз помоћ и прилоге наших пријатеља и добротвора, радови су, иако споро, напредовали.
У недовршен конак епископ Артемије се са својом братијом, архимандритом Варнавом (Димитријевићем), јеромонахом Паладијем (Матићем) и монахом Кипријаном (Кељевићем) уселио 15. октобра 2016, када је конак и освећен. Радови на довршавању и опремању манастира су настављени. Изграђена је капела посвећена Светим Оцима Првог Васељенског сабора, по којој је и цео манастир назван Нова Никеја, као и народна трпезарија.
Катакомба манастир Нова Никеја званично је отворен на храмовни празник, у Недељу Светих Отаца Првог Васељенског сабора, 9. јуна 2019. Истога дана епископ Артемије за првог настојатеља овог манастира поставио је архимандрита Варнаву. Истовремено, манастир Нова Никеја постао је званично седиште Епархије рашко-призренске у егзилу. Манастир је 2. септембра 2020. регистрован као Задужбина Нова Никеја и тако је постао правно лице.